L'école de Gensac-sur-Garonne fait partie du Regroupement Pédagogique Intercommunal (R.P.I.) avec les communes de Le Plan et Saint-Michel, toutes deux étant du canton de Cazères.
Les R.P.I. sont fréquents en milieu rural et reposent sur un accord contractuel entre les communes.
La mise en place du R.P.I. a une incidence sur l'organisation des transports scolaires qui relèvent du Conseil Départemental.
Les élèves sont regroupés par niveau scolaire sur plusieurs sites, ce qui permet de continuer à utiliser les locaux scolaires de chaque commune :
- GENSAC SUR GARONNE :CE2/CM1, CM1/CM2
- LE PLAN :petite section/moyenne section/grande section ( maternelle ) et CP
- SAINT-MICHEL : CP, CE1